В края на 60-те години на ХІХ век за първи път се срещат ж.п. линии, положени от двете страни на долното течение на река Дунав. Гарите на Гюргево и Русе сякаш предпоставят между двата града да се изгради железопътен мост, който да свърже един от първите балкански железни пътища (Варна – Русе) с европейската железопътна мрежа. Мостът между двата града обаче ще бъде построен почти век по-късно, което става символ не само на техническите и финасовите затруднения при инженерното преодоляване на реката на това място, но и на политическите препятствия за построяването му през този период на нестабилност на геополитическата платформа на Югоизточна Европа.

Половин столетие Османската империя успява да отстои на австрийския и руския натиск и да отклони настояванията за свързване на вътрешността на европейските й владения с железопътните лъчи, които двете северни империи отправят към нейните южни простори. С британска подкрепа Високата порта удържа дори в железопътното дело да затвори за две десетилетия балканските си територии за външна експанзия, идваща от Средна и Източна Европа, и да се изолира в собствен коловоз на развитие, отличаващ се със забавения си темп на модернизация. Едва в средата на 70-те години, когато към усилията за проникване към Близкия и Средния изток на Виена и Санкт Петербург се добавя военнополитическия авторитет на Берлин, османо-британската укрепена полоса, минаваща през Черно море, по руслото на Долния Дунав и по планинските вериги в Западните Балкани, се пропуква.

В средата на 1875 г. Виена успява да измъкне от Високата порта задължението турците да построят с предимство ж.п. връзката от Белово до Ниш и сръбската граница, която измества от приоритетното му място предвидения през 1872 г. и намиращ се в строеж железен път от Сарамбей през София до Скопие. Дунавската империя най-после получава гаранции за транспортното си проникване на Балканите. Междувременно Османската империя, чиито финанси са изтощени от неизгодните условия на железопътното строителство, обявява частичен финансов банкрут. В Херцеговина въоръжените сблъсъци между християнски отряди и военни части на османската власт прерастват в масово въстание, прехвърлило се и в съседна Босна. "Болният човек на Балканите" навлиза в хронична криза.

Източната криза от 1875 – 1878 г. възпира по-натататъшното изграждане на железопътната мрежа в Османската империя в продължение на линиите, прокарани по концесията на барон Хирш. Основното огнище на въстанието в България през 1876 г. е разположено непосредствено до крайния достигнат пункт на ж.п. линията от Цариград към София – градеца Белово, което предпоставя неговото бързо потушаване, но и новините за жестоката разправа с въстаниците и цивилното население се разпространяват бързо благодарение на тази железопътна релация. Именно поради това реакцията на Великите сили след Априлското въстание е много по-изострена, отколкото международният отзвук, предизвикан от успешното въоръжено настъпление и съпротива на християните в Херцеговина и Босна, подкрепяни и от външни отряди от националнореволюционни радикали и международни авантюристи.

Русия и Австро-Унгария, които чрез не особено надеждния съюз на Тримата императори (включващ и Германия) се явяват водещи гаранти на европейското статукво и стабилност, откриват в размириците на Балканите подходяща възможност да възстановят експанзията си в балканските владения на Османската империя, преустановена с Парижкия мир от 1856 г. Междувременно Сърбия и Черна гора се решават сами да атакуват турските въоръжени сили. Това дава основание Виена и Санкт Петербург да се споразумеят за рамките на териториалната промяна на Балканския полуостров и за отговорностите на двете сили при тази промяна, като те явно не се уповават на успех на двете малки балкански княжества срещу модернизиращата се империя. В общи линии, Австро-Унгария предвижда да укрепи позиците си в Западните Балкани, а Русия - в Източните, като изглежда Македония и Стара Сърбия (Новопазарския санджак и Косово) се превръщат в зона на смесено и преходно влияние, където още четири десетилетия ще възникват търкания и разлом от приплъзването на тези зони на влияние. Разломът ще бъде не само политически, но и транспортен, а онаследената от него пропаст все още зее широко разтворена между София и Скопие.

Османската армия бързо успява да разгроми сръбските сили в края на лятото на 1876 г., което предизвиква незабавната намеса на Русия, за да се преустанови настъплението на турците към Белград. Поради неотложността на реформите и усложнената политическа ситуация в европейския югоизток, Концертът на Великите сили най-после съвместно интервенира за провеждане на конференция по преустройството на османския режим в провинциите Херцеговина и Босна, както и в България, която е три пъти по-обширна от тях. Свиканата Цариградска посланическа конференция обаче завършва с провал и пътят към войната е открит.

Сърбия, която в навечерието на очертаващата се руско-турска война е поставена пред избор да капитулира или да бъде окупирана от турските сили, с което ще изгуби възможност да лавира през войната, предпочита набързо да приеме унизителен мирен договор. Той е сключен на 16 (28) февруари 1877 г. в Цариград и освен политическите клаузи, предвижда Сърбия да построи ж.п. линията от Белград до Алексинац и да я предаде да се управлява от турски чиновници. Половинвековното надлъгване между васалното княжество и метрополията за определяне на ж.п. трасето, свързващо Леванта със Средна Европа, завършва с триумф за Високата порта. Уви! През пролетта руските и румънските войски навлизат в България, а в края на годината сърбите се присламчват към руската победа при Плевен и също напредват през българска територия чак до Брезник. Железопътният пробив на османците към Европа е проигран.

Прелиминарният (предварителен) договор за мир между Османската империя и воюващите с нея държави не задоволява останалите Велики сили и в Берлин се свиква конференция, която да уреди следвоенното преустройство на Балканите. В Берлин Австро-Унгария успява да прокара повечето от своите аспирации за разширение на влиянието си в западната част на полуострова, включително в транспортната сфера. Босна и Херцеговина са поставени под управлението на Хабсбургите (макар формално султанът да остава техен сюзерен), а в Новопазарския санджак се предвижда да се разположат австроунгарски гарнизони, контролиращи търговските и военни пътища. Това сякаш предпоставя ж.п. линията от Митровица в недалечно бъдеще да бъде продължена до територията на Унгария (каквато заявка вече е дадена от Виена в руско-австрийските преговори от 1878 г.) и да се установи железопътна връзка от Виена и Будапеща до Солун.

По време на Берлинския конгрес Австро-Унгария успява, посредством застъпничество за териториалното разширение на Сърбия по поречията на Нишава и Морава, да приобщи сърбите към своята политическа сфера. На 26 юни (8 юли) 1878 г. е сключено съглашение между двете държави, което предвижда построяването през сръбска територия на ж.п. линия от р. Сава при Белград до Ниш, която оттам ще се раздвои, за да осигури железопътните връзки на юг към Враня, Скопие и Солун и на югоизток към Пирот, Пловдив и Цариград. На 28 март (9 април) 1880 г. е подписана и конвенция, конкретизираща параметрите и трасето на ж.п. отсечките през сръбска територия, която предвижда в срок до 3 (15) юни 1883 г. да се изгради мост над р. Сава и от него на юг да се прокарат железопътните връзки през Сърбия до българската и турската граница.  Сблъсъкът на геостратегически интереси обаче ще забави този проект.

В Берлин Русия се задоволява с възвръщането на Южна Бесарабия, с което отново придобива излаз на р. Дунав при неговото устие. Румъния получава, в замяна на Южна Бесарабия, Северна Добруджа до Силистра и Мангалия с ж.п. линията Черна вода – Кюстенджа, осигурявайки си принадлежността на крайния участък на най-късия транспортен коридор от Средна Европа към Черно море. В остатъка от Мизия и в горните поречия на Нишава, Струма и Марица се установява Княжество България (васално на Османската империя), наследило ж.п. линията от Варна до Русе със задължението да я изкупи от английскте й собственици. В Севернотракийската низина е локализирана автономна от османското управление провинция с етнически неутралното название Източна Румелия. Именно от Източна Румелия (от Белово до Траянови врата) трябва да бъде продължена железницата от Цариград за Европа, която ще преминава през южните предели на Княжество България (от Вакарел до Цариброд) и от там през новите владения на Сърбия (Пиротско и Нишко) към Белград.

Основавайки се на турското задължение от 1875 г. представителите на Виена на Берлинския конгрес включват в договора от 1 (13) юли 1878 г. задължението през териториите на Княжество България, Източна Румелия и Сърбия да се доизгради железопътната връзка между Османската империя и Австро-Унгария, с което да се осъществи довършването на трансбалканските железопътни линии. В разрез с този ангажимент, Русия, която се стреми да изпревари бързият пробив на австроунгарското влияние на Балканите с предвидените ж.п. връзки от Белград към Солун и Цариград, оказва силен натиск върху нововъзстановената българска държава, да подкрепи строителство на ж.п. линии от р. Дунав към Македония и Тракия. Един от ранните руски проекти предвижда от Свищов да се прокара ж.п. линия до подножието на Балкана, от там тя да бъде продължена с въздушно-въжена линия, преваляща планината, а от другата страна отново ж.п. линия ще продължава към София, Кюстендил и границата с Македония. Несъстоятелността на този проект е очевидна, но руските емисари и предприемачи предлагат впоследствие по-обмислени варианти и засилват давлението върху българското политическо ръководство да възприеме Дунавската железница. Руснаците смятат с ж.п. разклонение от Крайова към Зимнич на румънска територия да изведат железницата срещу Свищов, където впоследствие би могло да се построи мост. От това пристанище на българска територия би трябвало да се прокарат две линии - към Нова Загора и към Скопие - свързващи Русия с Цариград и Солун.

Разнопосочните външни и вътрешни интереси предизвикват т. нар. “железопътен въпрос” в дискусиите и инициативите по външнополитическата ориентация на Княжеството. Въпреки неприкритата руска доминация в първите години след възстановяването на българската държава, нейните политически дейци успяват правилно да оценят ползите от изграждането на връзката към Средна Европа и свързването с линиите, построени в Тракия и Македония. В София предпочитат осъществяването на задължението от Берлинския договор за ж.п. връзка с Австро-Унгария да се реализира в продължение на османския проект за линия от Цариград към Скопие и от там за Белград. Това означава България да положи първоначално релсите от Вакарел до София, а от столицата линията да завие към Кюстендил и македонската граница. Тази насоченост на железопътното трасе към Европа ще подсигури българското проникване в Македония и транспортния излаз на Солунския залив.

От своя страна, Османската империя отказва да се ангажира с трасето от Ниш през Враня до Скопе. Турците предпочитат да останат на позицията от 1872 г., предвиждаща връзката Прищина - Куршумлия - Ниш. Те, освен това, настояват България да довърши своя участък на линията от Шумен към Ямбол, така че да получат пряка комуникационна връзка с турската диаспора в Лудогорието и линията Варна - Русе, но това не отговаря на интересите на Княжеството. Българските и турските претенции не съвпадат пък с австроунгарските виждания по железопътния въпрос и започналите през 1881 г. във Виена преговори по довършването на трансбалбканските железници от Белово и Скопие за Белград се проточват. В крайна сметка Виена надделявя и през май 1883 г. е подписана т. нар. четворна конвенция между четирите заинтересовани държави (без Източна Румелия, която е под османски суверенитет) за тези основни железопътни артерии, чието трасе е утвърдено да мине, съответно през София, Пирот и Ниш, както и през Враня - Ниш. Двуединната империя и Сърбия получават предимство при проникването си към Македония, докато Русия и България остават ограничени в източната част на полуострова.

Междувременно Австро-Унгария, съкрушавайки в Босна и Херцеговина през лятото на 1878 г. съпротивата на местни християнски и мюсюлмански отреди, заема тези провинции. Впоследствие разполага свои гарнизони в западната част на Новопазарския санджак. На първо време обаче австроунгарците се отказват да продължат строителството по прокараната от барон Хирш ж.п. линия в Западна Босна (Нови - Баня Лука), която в източна посока трябва да премине през трудно преодолим планински терен. Те спускат от Босански брод (градът е свързан с ж.п. линията в Южна Славония и от там с останалата ж.п. мрежа в Дунавската империя) линия по долината на река Босна, която още през 1879 г. достига град Зеница, а през 1882 г. и до централния град на областта Сараево. Оттук железницата би трябвало да продължи към Митровица, но Високата порта, следвайки изолационистката си ориентация, не проявява ентусиазъм за осъществяването на тази връзка. В голямото транспортно надлъгване австроунгарските гарнизони, попаднали сред враждебното мюсюлманско обкръжение в Санджака, не се оказват достатъчни.

През 80-те години Австро-Унгария изгражда балканска съюзна система в допълнение на Тройния съюз (алианс с Германия и Италия), в която въвлича Румъния и Сърбия, а към нея по-късно гравитира и България. Така Двуединната държава чувствително увеличава влиянието си на полуострова и става основен фактор в неговото стопанско и културно развитие. През 1884 г. Хабсбургската империя най-после получава удовлетворение на дългогодишния си стремеж да проникне на юг от Долния Дунав. Мостът през Сава към Белград е пуснат в експлоатация, а след него е открита и ж.п. линията от сръбската столица до Ниш. След този пробив нито Съединението на Княжество България с Източна Румелия и международната криза по този въпрос от 1885 – 1887 г., нито дори Сръбско-българската война успяват съществено да забавят доизграждането на трансбалканските железници. През 1886 г. са пуснати в експлоатация участъците Ниш – Лесковац – Враня и Ниш – Бела Паланка – Пирот. През 1887 г. южната линия от Враня се спуска до границата с Османската империя, откъдето на следващата година се свързва с линията Скопие – Солун. Пак през 1888 г източната линия достига българската граница и там се свързва с построените през Княжеството и през Източна Румелия участъци, с което и тази най-важна трансбалканска железопътна артерия е завършена. Повече от половин столетие се оказва необходимо, за да се отворят Балканите към европейската железопътна система, но в края на 1888 г. вече се пътува без прекъсване от Атлантика, Северно и Балтийско море до северното крайбрежие на Мраморно и Егейско море.

След международното напрежение покрай българската криза с обявяването на Съединението и абдикацията на княз Александър І, преуреждането на политическата разстановка в Източното Средиземноморие през 1887 г. затвърждава тенденциите от 1878 г. Със Средиземноморското съглашение между Лондон, Рим и Виена статуквото на Балканите е потвърдено, което предотвратява руската интервенция в България, но от друга страна Русия по същото време получава гаранции от Австро-Унгария и Германия, че Княжество България (заедно с Източна Румелия) влиза в нейната зона на влияние. Това до голяма степен предопределя стремежът на новия български княз Фердинанд І да възстанови отношенията с Русия, което включва и изпълнението на ж.п. линиите към Дунав и Черно море. Особено важна между тях е линията от София до Варна (не случайно на Берлинския конгрес Русия пожертва излазът на Източна Румелия към Егея, за да запази принадлежността на Варна към българското княжество), чрез която би се засилило проникването на руското стопанско, политическо и културно влияние. Тези линии са също така и от български интерес и само за няколко години започва изграждането на железопътните лъчи към Черно море, Дунав и Македония.

След 1878 г. европейските владения на Османската империя са ограничени в южната половина на Балканския полуостров и в изпълнение на своята изолационистка политика Високата порта развива железопътното строителство по направлението от Мраморно към Адриатическо море като следва, доколкото е допустимо за изискванията на железопътния транспорт, трасето на античния римски път Виа Егнация. През 1894 - 1895 г. са завършени ж.п. линиите от Битоля до Солун и от централния македонски град до Дедеагач. Проектира се ж.п.линия от Битоля към Валона на адриатическото крайбежие, която би намалила транспортната зависимост на Османската империя от надвисналата от северозапад Австро-Унгария. Евентуални ж.п. отсечки към Валона и Драч биха облагодетeлствали и Италия в съревнованието й с Двуединната империя за влияние в Западните Балкани, но албанските планини са твърде внушително препятствие пред изпълнението на този вариант на "Адриатическа железница".

През втората половина на 80-те години железопътното строителство в Босна и Херцеговина след Сараево напредва предимно на юг, като през 1890 г. излиза на Адриатика, а през 1891 г. стига до Дубровник. Тази е първата железопътна връзка между Средна Европа и Адриатическо море, преминала през същинските Балкани, а нейното осъществяване отговаря на амбициите на Виена да модернизира Балканите, за да ги приобщи към своята сфера на влияние.

В Сърбия също правят планове за Адриатическа железница от Дунав до крайбрежието на Черна гора, чрез която да се свържат сръбските земи в единен транспортен коридор между Средиземно море и Източна Европа. С подобна цел през 1898 г. Сърбия и Румъния подписват конвенция за изграждане на мост над Дунава между Кладово и Турну Северин, с който да свържат железопътните си мрежи. Изпълнението на тази ж. п. магистрала ще позволи и на руската търговия да избегне зависимостта от Проливите и да излезе директно в центъра на Средиземноморието.

Гърция през ХІХ век остава изолирана от европейските и дори от османските железници и разчита предимно на връзките по море, още повече че през 1893 г. окончателно е пуснат в експлоатация Коринтският канал, съществено съкращаващ пътя между западното и източното крайбрежие на страната и между Егейско и Йонийско море. В тази най-южна балканска страна се развива рехава вътрешна железопътна мрежа, която свързва вътрешността й с крайбрежието, пак с умисъл да се използва развитото корабоплаване.

През 80-те години в железопътната треска в Югоизточна Европа и Предна Азия агресивно се намесват германските капитали. Германия, която реагира все по-чувствително на изостаналостта си в колониалната експанзия, предизвикваща осезателна липса на ресурси и пазари, насочва своите външнополитически и стопански усилия към излаз на Персийския залив, Червено и Арабско море през територията на изпадналата във финасова и политическа несъстоятелност Османска империя. Дойче банк, в съдружие с Виенер Банкверейн, участва в изкупуването от компанията на барон Хирш на принадлежащите й османски линии, след което се ангажира с построяването на отсечката Солун – Битоля, а също участва посредством създадената Анатолийска компания в доизграждането на Анадолската ж.п. линия в участъка от Измид до Ангора, с което овладява почти изцяло балканската и северномалоазийската ж.п. мрежа на империята. В 1896 г. компанията завършва участъка от Ескишехир до Коня. В продължение на тази линия през 1899 г. германците получават предварителна концесия за строителството на Багдадската железница, която трябва да излезе на Персийския залив при Басра. Построяването на тази железопътна артерия многократно би увеличило значението на затапените в югоизточна посока балкански железници.

През 1890 г. в България е завършена линията Ямбол - Бургас, предоставяща пряк достъп на континенталната ж.п. мрежа до западния бряг на Черно море. Към средата на последното десетилетие на ХІХ век е осъществена и ж.п. връзката между Букурещ и Констанца след построяването на мостови съоръжения над ръкавите на Дунав срещу Черна вода, прокарваща най-пряката магистрала от Средна Европа към Черно море. Нейният краен участък в Добруджа би трябвало по исторически, географски и етнически съображения да принадлежи на България, но уви. В 1899 г. е установена и железопътната връзка София – Варна (на следващата година е завършено разклонението й от Горна Оряховица до Русе). Трансевропейският железопътен пробив към Черно море вече е напълно прокаран (макар с ориенталско окъсняване) още преди да изтече забележителното столетие на парния двигател и локомотива.

Въпреки многобройните предприемачески проекти и политически интервенции за железопътно свързване на Балканите с другите региони на Стария континент, до края на века единствената пряка и удобна ж.п. връзка на полуострова с Централна Европа минава през Белград и София, което повишава тяхната значимост. В североизточна посока пряка връзка се осъществява само за Северна Добруджа, така че Русия остава изолирана в железопътното поприще, независимо от политическите гаранции за позициите й по западното крайбрежие на Черно море. Това до голяма степен спомага несъразмерното проникване на немското политическо, стопанско и културно влияние в югоизточна посока, което постига обвързването към своята ос на държавите между Дунавската и Османската империя. През ХХ век Немският блок до голяма степен ще отсъпи от тези позиции, но ще се укрепи в Османската империя с надеждата да проникне трайно в Близкия и Средния изток, което ще е една от причините за катастрофалния геополитически сблъсък от 1914 г.