През септември 1944 г. Червената армия окупира Царство България. Държавата на българите, които идват на Балканите от степната зона в Северното Причерноморие, отново попада в периметъра на влияние на империя, владееща степния евроазийски пояс. През 1945 г. Съветския съюз утвърждава разширението на териториалната си хегемония от източното крайбрежие на Йонийско и Адриатическо море до крайния участък в западна посока по южния бряг на Балтийско море. Само три години по-късно обаче Югославия се отцепва от Източния блок, а гражданската война в Гърция завършва с поражение на левите сили. СССР е лишен от големия си пробив към Средиземно море без да успее да извърши нов. Потвърждава се традицията степните империи – Хунската, Аварската, Селджукската, Монголската, Руската (Съветската) – да бъдат възпирани в проникването им на запад от непонятната, чужда им другост и разнообразие на хилядолетната средиземноморска цивилизация. Именно Балканския полуостров, през средата на който по меридиана преминава необяснена и до днес разграничителна линия, е най-често достиганата периферна и погранична зона на влияние (само селджуките не го засягат с походите си през ХІ век) на степните телурократични империи. Оставайки в източната половина на континента, поставена под доминацията на Кремъл, България и Румъния са откъснати от същинското европейско политическо, икономическо и културно пространство. Несъмнено, спускането на Желязната завеса се отразява на развитието на железопътните им връзки със “Западна Европа” (под това понятие за близо половин век са приспадани Гърция и Турция), но пък стимулира пренасочването на основните товаропотоци към СССР и неговите сателити в централната част на континента.
След Втората световна война европейската железопътна система преживява бурен подем, като повсеместно се възстановяват повредените и се изграждат нови железни пътища. Разделянето на континента през средата му препятства обединяването на цялото европейско стопанско пространство в единна транспортна схема, която да рационализира комуникациите в региона където се зараждат модерните съобщителни техники. На Балканите обаче блоковото и идеологическото вледеняване е съпроводено и от националистическо. Поради това през първите две десетилетия след войната между балканските държави не е изградена нито една нова железопътна линия (ако изключим свързването на Русе и Гюргево през Дунава).
Влошените отношения на България и Албания с Гърция, Турция и Югославия предотвратяват за дълъг период изграждането на нови железопътни връзки помежду им, с което разделението на полуострова се затвърждава и в транспортно отношение. Само към Румъния обръчът на балканското противобългарско съглашение остава отворен. При изтеглянето на Вермахта от България, фериботната ж.п. връзка Видин – Калафат е демонтирана. Остава единствено фериботът Русе – Гюргево да поддържа прекия железопътен излаз на България към формиращия се социалистически лагер (линията през Северна Добруджа е твърде заобиколна, а връзката през Югославия е затруднена). Нарастването на обема на стокообмена на НР България с народнодемократичните страни обаче не след дълго извиква на дневен ред възстановяването на ферибота при Видин - Калафат. През 1952 г. България и Румъния възобновяват функционирането на съоръжението за железопътно преодоляване на голямата река, позволяващо преминаването й в западния край от общия речен участък помежду им. Междувременно правителствата на двете държави се споразумяват да построят със съветска помощ комбиниран (железопътен и автомобилен) мост между Русе и Гюргево. През 1954 г. “Мостът на дружбата” е открит, а местният ферибот е закрит. Две десетилетия по-късно (1974) фериботът при Видин – Калафат преустановява своята дейност. През 1975 г. е пуснат в експлоатация нов фериботен комплекс, чиито съоръжения са разположени на запад от Видин.
В 1952 г. в България е завършена подбалканската железница, прокарана по най-късото трасе между Черно и Адриатическо море, но строителството по ж.п. участъците във Вардарска Македония, които биха свързали железопътните мрежи на България, Югославия и Албания, е напълно замразено Не се осъществява и замисляната връзка Видин – Зайчар, също насочена по диагонала от р. Дунав към Адриатика. През 1976 г. най-после ж.п. артерията Белград – Бар е завършена. Поне сръбско-черногорският участък от един от централните проекти за Адриатическа железница е осъществен, но самата транспортна магистрала от Русия към Централното Средиземноморие вече е загубила актуалността си.
В най-западната част на Балканите, в Югославия, е довършена друга адриатическа линия, която свързва хърватската столица Загреб с пристанището Сплит, осъществяваща нова релация между централноевропейските страни и Средиземно море. Трета нова адриатическа линия се спуска от Западна Босна към Сплит. Най-после е завършена и вътрешнобосненската отсечката Баня Лука – Сараево, която още барон Хирш изоставя през 70-те години на XIX век, но този път линията минава по на север от тогавашното трасе.
Разведряването от епохата на Хрушчов постепенно подобрява отношенията и между балканските държави, осъзнали ниската степен на своята политическа дееспособност в условията на Студената война и на глобалното противопоставяне между двете свръхсили. Техните компенсаторни усилия се насочват към разширяване на регионалното икономическо и културно сътрудничество. През 1965 г., след половинвековни български напъни София да се свърже директно със Солун, най-после е завършена и открита връзката към Гърция при Кулата. През 1971 г. е пусната в експлоатация пряката ж.п. отсечка между Свиленград и Одрин, доколкото дотогава влаковете от Пловдив за Истанбул са минавали първо през гръцка територия, за да достигнат до турската граница. Така след петдесетгодишно прекъсване, България и Турция отново установяват непосредствени железопътни сношения.
След Втората световна война албанците активно се заемат да развият своята ж.п. мрежа. Това предполага осъществяването на южния вариант на балканската железница към Адриатика, чрез която Съветския съюз би получил достъп до Средиземно море. Поради конфликта на югославската компартия с Коминфорбюро, от средата на 1948 г. Албания остава откъсната от останалите държави от народно-демократичния блок. Опасенията за намеса във вътрешните работи и дори за анексия (Тито открито е изисквал преди юни 1948 г. присъединяването на Албания към Югославия) принуждават албанското ръководство да се изолира от страна на ФНРЮ. Така страната преживява половин столетие без да осъществи железопътен контакт с останалата част на Европа, въпреки че са построени ж.п. линии от Вльора до Шкодра и от Тирана до Охридското езеро (град Поградец). Едва в края на ХХ век с изграждането на отсечката Шкодра – Подгорица железопътната й мрежа се включва през Черна гора към европейската ж.п. система.
Постепенно европейската железопътна система започва да се измъква от своята сухопътна ограниченост и обусловеност с изграждането на презморски фериботни линии, преминаващи през вътрешните водни пространства на моретата в околовръст на континента. Чрез тези ж.п. фериботи се осъществяват връзки между европейски региони, които до преди това са били твърде раздалечени в сухопътно отношение, за да осъществяват помежду си рентабилно железопътно общение. Може би най-важната фериботна връзка на Балканите е фериботът между европейския и азиатския бряг на Истанбул, но тя преодолява сравнително тесния провлак на Босфора. От 70-те години някои пристанища на Балканския полуостров също се прикачват към насрещни им презморски ж.п. линии. Първи е фериботът от гръцкото пристанище Патра до италианското Бриндизи, свързал полуостров Пелопонес и цяла Южна Гърция с Апенините. През следващото десетилетие обаче тази фериботна линия, която вече е станала вътрешна за Европейската икономическа общност (след приемането на Гърция в ЕИО), е закрита.
Много по-голям успех има фериботната връзка в рамките на СИВ между България и СССР от пристанището Варна-запад до Иличовск, открита през 1878 г. С нея се заобикаля натовареното и неблагонадеждно трасе през Румъния. Фериботът се обслужва от 4 кораба с голяма товароносимост - водоизместимостта им е 13 хиляди тона и побират по 108 вагона. Скъсената връзка между СССР и България съществено разширява възможностите за икономическото сътрудничество помежду им и тясно обвързва българското стопанство с обширния съветски пазар. След разпадането на СССР тази фериботна релация поема търговския обмен между България и Украйна, а от 1998 г. фериботът е удължен до Грузия, като корабите пътуват до едно от пристанищата Поти или Батуми. Междувременно, през 90-те години, българите и руснаците замислят нова фериботна връзка от Варна до Новоросийск, но сривът на българския износ за Русия възпира осъществяването на този проект.
Друга перспективна фериботна връзка се замисля да скачи непосредствено ж.п. мрежите, стационирани в южните покрайнини на Украйна и Румъния (в момента Молдова препятства преките им съобщения), като се преодолее река Дунав малко преди делтата й в района между пристанищата Измаил и Тулча. Такава релация би спомогнала за облекчаване на контактите на българите от Бесарабия с България. Спорните въпроси между Румъния и Украйна за териториалните води около украинския Змийски остров и за построяването на украинския канал Дунав - Черно море засега замразяват този проект. В бъдеще е възможно на това място да се построи и ж.п. мост, който съществено ще скъси връзките по западното крайбрежие на Черно море. Затова пък строителството на железопътния мост между Видин и Калафат вече е в ход, така че именно там ще се осъществи новото ж.п. преваляне на голямата река.
Паралелно с изграждането на моста при Видин, в срещуположния край на полуострова ще се прекопае ж.п. тунел от европейската до азиатската част на Истанбул, с което ще се осъществи непосредствена непрекъсната железопътна връзка през Балканите между Европа и Южна Азия. Най-сетне почти ще се осъществи железопътната магистрала от Лондон до Калкута (ще остане непрокарана само една отсечка от Бам до Захедан в Източен Иран), която в съвременните си измерения ще се проточва от град Търсоу, намиращ се в северния край на Шотландия, до Читагонг в югоизточните покрайнини на Бангладеш, а впоследствие може да се разпростре дори до Сингапур и Хо Ши Мин (Сайгон).
Възходът на автомобилния и въздушния транспорт намалява дела на товарооборота извършван чрез железопътния транспорт и съществено ограничава пътникопотока по железопътните маршрути. С настъпването на кризата в железопътния отрасъл, се начева икономизиране и рационализиране на железопътната мрежа в цяла Европа, като закриването на второстепенни линии не подминава и Балканите. Същевременно, за да се повиши рентабилността и ефективността най-вече на железопътните комуникации, се възприема способа за комбиниране на автомобилния, морския и въздушния транспорт с железопътния посредством въвеждането на унифицирани контейнери за съхранение на стоките при превоз, които са пригодени за различните видове товароносители.
Балканските държави участват в поддържането на множество фериботни линии, влизащи в състава на мрежата на комбиниран превоз, доколкото полуострова има средищно местоположение между Европа, Азия и Африка. Някои от тези линии за комбиниран ро-ро превоз (с железопътно-корабоплавателен преход) са: Варна – Барселона, Испания; от гръцките пристанища Патра и Игуменица към италианските пристанища Бриндизи, Триест, Анкона и Бари; от гръцкото пристанище Волос към Латакия, Сирия; от Констанца, Румъния, към Самсун, Турция. Комбинираният превоз разширява възможностите за употреба на железопътната инфраструктура и спомага за възвръщането на позамръкналата слава на железопътното дело. Мрежата на комбинирания ро-ла транспорт (железопътно-автомобилен преход), освен в пристанищните градове, се разраства и във вътрешните сухоземни пространства с изграждането на терминали за съхраняване и прехвърлянето на товарите. В София предстои де се изгради централен интермодален терминал за България. През 1993 г. встъпва в сила Европейското съглашение за най-важните линии на международния комбиниран превоз и съответните им обекти, което затвърждава континенталното коопериране в тази област.
След разпадането на Източния блок се създават условия за обединяване на железопътните системи на Източна и Западна Европа. През 1989 г. встъпва в сила Европейското съглашение за международните магистрални железопътни линии, което цели да облекчи и разшири международните железопътни превози на континента. През 1994 г. Втората паневропейската транспортна конференция определя десет транспортни направления (коридори) в централната и източната част на континента, към които приоритетно трябва да се насочат инвестиции, за да се преодолее инфраструктурното изоставане на този регион и да се адаптира неговата транспортна мрежа към проекта за общоевропейско пространство. През района на Югоизточна Европа преминават отчасти трасетата на повече от половината от тези коридори – № №4, 5, 7, 8, 9 ,10.
Измежду транспортните коридори само при този с №7 (по река Дунав) няма особено значително ангажиране с подобряване на железопътна инфраструктура, макар че пристанищните гари все пак са инкорпорирани в неговия обхват. Коридор №4 е по направлението от Дрезден и Нюрнберг към Прага – Виена – Будапеща – Арад – Букурещ – Констанца, а един южен клон се от правя от Арад към Видин (тук ще се прехвърли над реката мостът Видин - Калафат), продължава към София, откъдето се разклонява за Солун и Истанбул. Източният разклон на коридор №5 минава през Балканите, идвайки от Киев през Лвив (Лвов) и следва маршрута през Будапеща – Сараево – хърватското пристанище Плоче. Коридор №8, свързван с античния римски път Виа Егнация, тръгва от южноиталианските пристанища Бари и Бриндизи, после преминава изцяло през Балканския полуостров от Вльора и Дуръс, Албания, през Скопие и София до Бургас и Варна. Това трасе е естествено продължение на “Копринения път” през Централна Азия и през 2000 г. бе включено в проекта TRACECA (Транспортен коридор Европа – Кавказ – Азия). Само че, за да се осъществи най-късата железопътна връзка между Черно и Адриатическо море, трябва да се изградят ж.п. участъците от Лин, Албания, до Кичево, както и Беляковци (Р. Македония) – Гюешево. Коридор № 9 слиза от Балтийско море (от Хелзинки, Клайпеда, Калинниград) през Вилнюс и Минск, или през Санкт Петербург и Москва, продължава към Киев, Кишинев, Одеса и Букурещ, излиза при Русе и от там се спуска към Александруполис на Егейско море (тук на балканска територия предстои да се дострои ж.п. участъкът Подкова – Комотини). Коридор №10 (основното му направление следва римския път Виа Милитари) от Будапеща и Залцбург (през Любляна и Сараево) към Белград и Ниш, откъдето се разделя към София – Истанбул и към Скопие, откъдето отново се разделя към Солун, достигайки Егейско море, и към гръцкото пристанище Игуменица на Йонийско море. Железопътната инфраструктура е гръбнакът на повечето от транспортните коридори.
В края на 2005 г. Групата на високо равнище ІІ на Европейската комисия, предназначена да ревизира насоките за изграждането на трансевропейската транспортна мрежа, представи доклад за разширяване на главните трансевропейски транспортни оси в рамките на ЕС до съседните страни и региони. Една от петте набелязани транспортни оси, посочени в доклада, преминава през територията на Балканския полуостров. Югоизточната ос свързва Европейския съюз, през Балканите и Турция, с Кавказ и Каспийско море (TRACECA), както и с Египет и Червено море. Предвижда се също така и изграждането на връзки за подобряване на достъпа до Албания и Република Македония, Иран, Ирак и Персийския залив. Друга важна ос, която преминава през полуострова, прониква от Будапеща през Видин, София и Солун, достигайки до Атина и ж.п. пристанището Патра в Пелопонес.
Разделението на Европа след Втората световна война на два противостоящи лагера затормозява развитието на железопътната мрежа на Балканите и нейното окончателно приобщаване към европейската ж.п. система. Особената политическа позиция на Югославия и Албания още повече усложнява отношенията между балканските страни и едва в края на столетието, въпреки раздробяването на югославската мозаечна държавност, полуостровът започва да се обединява в стремежът си да се еманципира сред по-напредналите европейски региони. През ХХІ век балканско-анатолийската зона има потенциал да се превърне в основен посредник в отношенията между Азия, Европа и Източна Африка, за което ще подпомогне доизграждането и модернизирането на местната железопътна мрежа. След 150-годишни колебания, дали регионът да се отвори към света, може би най-после пространството, в което се зародиха основите на днешната цивилизация, ще се откъсне от ориенталската си застоялост и ще се приобщи към зоната на напредничавост и динамично развитие, към която той по достойнство принадлежи, но сега трябва да покрие и нормите за пълноправното си членство сред лидерите на съвременната епоха.